آیت ا... طالقانی در دوران انقلاب اسلامی ، پس از آزادی از زندان ، نهایت تلاش خود را در جهت پیروزی انقلاب کرد و پس از پیروزی به ریاست شورای انقلاب اسلامی برگزیده شد و در انتخابات مجلس خبرگان قانونگذاری ( 12 مرداد 1358 ) از سوی مردم تهران به عنوان نماینده انتخاب شد .
در اوایل مرداد 1358 از سوی امام خمینی ( ره ) مامور تشکیل نماز جمعه تهران شد و نخستین نماز جمعه پس از پیروزی انقلاب اسلامی در پنجم مرداد به امامت ایشان در دانشگاه تهران برگزار شد .
بعد از حضور ایشان به عنوان امام جمعه تهران ، پنج نماز جمعه برگزار شد که آخرین نماز جمعه به مناسبت فرا رسیدن سالگرد جمعه خونین 17 شهریور در بهشت زهرا و کنار مزار شهدا خوانده شد . سرانجام در سحرگاه نوزدهم شهریور سال 1358 این عالم مجاهد پس از سال ها فعالیت های علمی و مبارزات سیاسی در اثر سکته قلبی دار فانی را وداع گفت .